Majelis-majelis yang dibentuk sesuai keputusan Muktamar k-46 di Yogyakarta ada sebanyak 13 majelis, yaitu:
1. Majelis Tabligh

Majelis Tabliqh dan Dakwah Khusus memiliki rencana strategis untuk: Meningkatkan kuantitas dan kualitas peran Muhammadiyah sebagai gerakan dakwah kemasyarakatan yang berpengaruh langsung dalam menciptakan masyarakat Islami sebagai perwujudan dari partisipasi aktif Muhammadiyah dalam pembangunan umat dan bangsa untuk mencapai tujuan Muhammadiyah.
Berdasarkan garis besar program, Majelis ini mempunyai tugas pokok untuk:
1. Meningkatkan kuantitas dan kualitas dakwah dalam segala dimensi kehidupan sesuai dengan prinsip gerakan Muhammadiyah.
2. Meningkatkan mutu dan kompetensi mubaligh Muhammadiyah.
3. Memperluas jangkauan dakwah agar mampu menyentuh berbagai level dan jenis kelompok masyarakat.
4. Mengembangkan dan menerapkan dakwah multimedia baik media lokal, maupun media dengan muatan teknologi baru.
5. Melakukan evaluasi dan memperbaiki konsep dan implementasi proyek-proyek dakwah Muhammadiyah, seperti dakwah jamaah, dakwah kultural dan sebagainya, agar kembali berjalan secara efektif.
6. Mengembangkan metode dan praktek pembinaan kehidupan Islami dalam masyarakat.

2. Majelis Tarjih dan Tajdid

Visi: Tertatanya manajemen dan jaringan guna meningkatkan efektifitas kinerja Majelis menuju gerakan tarjih dan tajdid yang lebih maju, profesional, modern, dan otoritatif sebagai landasan yang kokoh bagi peningkatan kualitas Persyarikatan dan amal usaha.
Misi:
1. Mewujudkan landasan kerja Majelis yang mampu memberikan ruang gerak yang dinamis dan berwawasan ke depan;
2. Revitalisasi peran dan fungsi seluruh sumber daya majelis;
3. Mendorong lahirnya ulama tarjih yang terorganisasi dalam sebuah institusi yang lebih memadai;
4. Membangun model jaringan kemitraan yang mendukung terwujudnya gerakan tarjih dan tajdid yang lebih maju, profesional, modern, dan otoritatif;
5. Menyelenggarakan kajian terhadap norma-norma Islam guna mendapatkan kemurniannya, dan menemukan substansinya agar didapatkan pemahaman baru sesuai dengan dinamika perkembangan zaman;
6. Menggali dan mengembangkan nilai-nilai Islam, serta menyebarluaskannya melalui berbagai sarana publikasi.
Majelis Tarjih dan Tajdid memiliki rencana strategis untuk: Menghidupkan trjih, tajdid, dan pemikiran Islam dalam Muhammadiyah sebagai gerakan pembaharuan yang kritis-dinamis dalam kehidupan masyarakat dan proaktif dalam menjalankan problem dan tantangan perkembangan sosial budaya dan kehidupan pada umumnya sehinggan Islam selalu menjadi sumber pemikiran, moral, dan praksis sosial di tengah kehidupan masyarakat, bangsa dan negara yang sangat kompleks.
Berdasarkan garis besar program, Majelis ini mempunyai tugas pokok:
a. Mengembangkan dan menyegarkan pemahaman dan pengalaman ajaran Islam dalam kehidupan masyarakat yang multikultural dan kompleks.
b. Mensistematisasi metodologi pemikiran dan pengalaman Islam sebagai prinsip gerakan tajdid dalam gerakan Muhammadiyah.
c. Mengoptimalkan peran kelembagaan bidang tajdid, tarjih dan pemikiran Islam untuk selalu proaktif dalam menjawab masalah riil masyarakat yang sedang berkembang.
d. Mensosialisasikan produk-produk tajdid, tarjih dan pemikiran keislaman Muhammadiyah ke seluruh lapisan masyarakat.
e. Membentuk dan mengembangkan pusat penelitian, kajian, dan informasi bidang tajdid pemikiran Islam yang terpadu dengan bidang lain.

3. Majelis Pendidikan Tinggi

Sebagai pelaksanaan dari geras besar program bidang pendidikan, maka bersama-sama Majelis Dikdasmen, Majelis Dikti memiliki tugas untuk:
1) Membngaun cetak biru (blue print) pendidikan Muhammadiyah untuk menjawab ketertinggalan pendidikan Muhammadiyah selama ini, dan sebagai langkah antisipasi bagi masa depan pendidikan yang lebih kompleks.
2) Menegaskan posisi dan implementasi nilai Islam, Kemuhammadiyahan, dan kaderisasi dalam seluruh sistem pendidikan Muhammadiyah.
3) Mempercepat proses pengembangan institusi pendidikan Muhammadiyah sebagai pusat keunggulan dengan menyusun standar mutu.
4) Menjadikan mutu sebagai tujuan utama bagi seluruh usaha pengembangan amal usaha pendidikan Muhammadiyah.
5) Mengintegrasikan pengembangan amal usaha pendidikan Muhammadiyah dengan program pengembangan masyarakat.
6) Menyusun sistem pendidikan Muhammadiyah yang berbasis Al-Qur’an dan Sunnah.
7) Mengembangkan program-program penelitian dan pengembangan di bidang pendidikan, ilmu pengetahuan dan teknologi, dan berbagai aspek kehidupan yang penting dan strategis sebagai basis bagi pengambilan kebijakan dan pengembangan kemajuan Persyarikatan.
8) Mengembangkan jaringan dan kerjasama lembaga-lembaga serta pusat-pusat penelitian dan pengembangan di lingkungan Persyarikatan.

4. Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah

Visi: Tertatanya manajemen dan jaringan pendidikan yang efektif sebagai gerakan Islam yang maju, profesional dan modern serta untuk meletakkan landasan yang kokoh bagi peningkatan kualitas pendidikan Muhammadiyah.
Misi: 1. Menegakkan keyakinan Tauhid yang murni;
2. Menyebarluaskan ajaran Islam yang bersumber kepada Al-Qur’an dan As-Sunnah;
3. Mewujudkan amal Islami dalam kehidupan pribadi, keluarga dan masyarakat;
4. Menjadikan lembaga pendidikan Muhammadiyah sebagai pusat pendidikan, dakwah dan pengkaderan.
Sebagai pelaksanaan dari garis besar program bidang pendidikan, maka bersama-sama dengan Majelis Pendidikan Tinggi, Majelis Dikdasmen memiliki tugas untuk:
1) Membngaun cetak biru (blue print) pendidikan Muhammadiyah untuk menjawab ketertinggalan pendidikan Muhammadiyah selama ini, dan sebagai langkah antisipasi bagi masa depan pendidikan yang lebih kompleks.
2) Menegaskan posisi dan implementasi nilai Islam, Kemuhammadiyahan, dan kaderisasi dalam seluruh sistem pendidikan Muhammadiyah.
3) Mempercepat proses pengembangan institusi pendidikan Muhammadiyah sebagai pusat keunggulan dengan menyusun standar mutu.
4) Menjadikan mutu sebagai tujuan utama bagi seluruh usaha pengembangan amal usaha pendidikan Muhammadiyah.
5) Mengintegrasikan pengembangan amal usaha pendidikan Muhammadiyah dengan program pengembangan masyarakat.
6) Menyusun sistem pendidikan Muhammadiyah yang berbasis Al-Qur’an dan Sunnah.

5. Majelis Pendidikan Kader

Visi Majelis Pendidikan Kader adalah: Tertatanya manajemen Majelis dan jaringan agar mampu dan efektif untuk menjadi badan pembantu pimpinan yang maju, profesional, dan modern, serta untuk meletakkan landasan yang kokoh bagi peningkatan kualitas Majelis dan program perkaderan.
Rencana strategis bidang Kaderisasi adalah membangun kekuatan dan kualitas pelaku gerakan serta peran dan ideologi gerakan Muhammadiyah dengan mengoptimalkan sistem kaderisasi yang menyeluruh dan berorientasi ke masa depan.
Berdasarkan garis besar program, MPK memiliki tugas-tugas antara lain sebagai berikut:
1) Meningkatkan kualitas perkaderan dalam segala aspek, meliputi materi, pengelolaan, metode, strategi, dan orientasi perkaderan agar lebih relevan dan kompatibel dengan kepentingan dan kebutuhan para kader.
2) Meningkatkan kompetensi kader yang meliputi kompetensi akademis dan intelektual, kompetensi keberagamaan, dan kompetensi sosial-kemanusiaan guna menghadapi tantangan organisasi masa depan.
3) Melaksanakan transformasi kader secara terarah dan kontinyu guna memberi peluang bagi kader dalam mengaktualisasikan potensi dan kompetensinya di Muhammadiyah, serta memperluas akses ke berbagai bidang dan profesi di luar Persyarikatan.
4) Melakukan pemberdayaan AMM yang terdiri dari tiga unsur, yaitu anggota organisasi-organisasi otonom angkatan muda Muhammadiyah, anggota keluarga warga Muhammadiyah dan pelajar / mahasiswa serta lulusan lembaga pendidikan Muhammadiyah.
5) Melaksanakan penguatan sekolah-sekolah kader Muhammadiyah seperti Madrasah Muallimin / Muallimat Muhammadiyah, Pondok Hj. Nuriyah Shabran, PUTM (Pendidikan Ulama Tarjih Muhammadiyah), Pondok Pesantren Darul Arqam Muhammadiyah, dan lain-lain dengan pengawasan yang intensif.
6) Melaksanakan pemantapan dan peningkatan pembinaan dan ideologi gerakan di kalangan kader, pimpinan, dan anggota Persyarikatan sebagai basis solidaritas dan kekuatan perjuangan dalam mewujudkan tujuan Muhammadiyah.

6. Majelis Pembina Kesehatan Umum

Rencana strategis bidang Kesehatan, Kesejahteraan, dan Pemberdayaan Masyarakat adalah Mengembangkan dan memperluas kekuatan basis gerakan Muhammadiyah yang terletak pada pusat “Penolong Kesengsaraan Oemoem” sehingga menjadi tenda besar bagi pelayanan dan keberpihakan sosial Muhammadiyah secara terpadu dan lebih luas.
Berdasarkan garis besar program, Majelis ini mempunyai tugas-tugas antara lain sebagai berikut:
1) Mendorong pelayanan terpadu bidang kesehatan yang menekankan pada kesehatan fisik, jiwa, iman, hukum dan sosial.
2) Mengembangkan konsep jalinan dan keterpaduan antara pelayanan sosial kesehatan Muhammadiyah dengan masyarakat dalam rangka mengembangkan misi Islam dan Muhammadiyah.
3) Membangun jaringan pelayanan sosial dan kesehatan Muhammadiyah yang mendorong bagi terciptanya daya dukung kekuatan pelayanan yang kuat, strategis dan cepat kepada masyarakat akar rumput.
4) Membuat dan mengembangkan pusat penelitian, pengembangan, data, informasi dan crisis center kesejahteraan masyarakat sebagai peta dasar dan tindakan strategis dalam memberikan pelayanan sosial Muhammadiyah di masyarakat.
5) Mendorong, mengembangkan, dan mengoptimalkan terus menerus kekuatan Muhammadiyah sebagai elemen pemberantasan serta penyalahgunaan NAPZA.
6) Menghidupkan suasana ke-Islaman dan dakwah dalam setiap memberikan pelayanan kepada masyarakat.

7. Majelis Pemberdayaan Masyarakat

MPM adalah “produk baru” sebagai hasil keputusan Muktamar ke-45 di Malang tahun 2005.
Visi: “Tertatanya kapasitas organisasi dan jaringan aktivitas pemberdayaan masyarakat yang mampu meletakkan landasan yang kokoh bagi perintisan dan pengembangan kegiatan pemberdayaan serta mendorong proses transformasi sosial dalam masyarakat”.
Misi: 1. Menegakkan keyakinan tauhid sosial sebagai spirit aktivitas-aktivitas pemberdayaan masyarakat; 2. Mewujudkan proses transformasi sosial yang mencakup perubahan kehidupan pribadi, keluarga, dan masyarakat yang lebih luas.
Berdasarkan garis besar program, Majelis ini mempunyai tugas-tugas antara lain sebagai berikut:
1) Membuat prioritas penanganan masalah dalam memberikan pelayanan kesejahteraan masyarakat berdsarkan kebutuhan masyarakat.
2) Mengembangkan alternatif-alternatif baru program pengembangan masyarakat untuk berbagai level dan jenis kelompok masyarakat.
3) Mengintegrasikan kerja Persyarikatan dan Amal Usaha dalam program pengembangan masyarakat.
4) Mengembangkan model-model pemberdayaan masyarakat untuk komunitas buruh, tani, nelayan, dan kaum marjinal di perkotaan maupun pedesaan.
5) Meningkatkan dan memperluas jangkauan program pemberdayaan masyarakat di lingkungan komunitas petani, buruh, nelayan, dan mereka yang mengalami marjinalisasi sosial perkotaan maupun pedesaan.
6) Madukan kegiatan-kegiatan pemberdayaan masyarakat dengan kegiatan dakwah yang membawa kemajuan.

8. Majelis Wakaf dan Kehartabendaan

Rencana strategis bidang Wakaf, ZIS (Zakat, Infaq, dan Shadaqah), dan Pemberdayaan Ekonom adalah: Terciptanya kehidupan sosial ekonomi umat yang berkualitas sebagai benteng atas problem kemiskinan, keterbelakangan, dan kebodohan pada masyarakat bawah melalui berbagai program yang dikembangkan Muhammadiyah.
Berdasarkan garis besar program, Majelis ini mempunyai tugas pokok antara lain:
1) Peningkatan pengelolaan ZIS (Zakat, Infaq, dan Shadaqah) dan akuntabilitasnya sehingga menjadi penyangga kekuatan gerakan pemberdayaan umat.
2) Peningkatan mutu pengelolaan wakaf dan perkuasan gerakan sertifikasi tanah-tanah wakaf di lingkungan Persyarikatan.
3) Pengembangan bentuk wakaf dalam bentuk wakaf tunai dan wakaf produktif.

9. Majelis Ekonomi dan Kewirausahaan

Visi: Terciptanya kehidupan sosial ekonomi umat yang berkualitas sebagai benteng atas problem kemiskinan, keterbelakangan dan kebodohan pada masyarakat bawah.
Misi:
1. Mengupayakan pembangunan ekonomi rakyat Indonesia khususnya keluarga besar Muhammadiyah;
2. Mengurangi problem kemiskinan, keterbelakangan dan kebodohan pada masyarakat melalui peningkatankehidupan sosial ekonomi ummat yang berkualitas;
3. Menjadi pelopor, motivator dan atau katalisator pembaharuan/perubahan pembangunan ekonomi rakyat Indonesia berdasarkan nilai-nilai Islam.
Berdasarkan garis besar program, Majelis ini mempunyai tugas pokok antara lain:
1) Menciptakan cetak biru (blue print) pengembangan ekonomi sebagai usaha untuk mengevaluasi dan merancang program pemberdayaan ekonomi ummat yang efektif.
2) Mengembangkan model pemberdayaan ekonomi yang didasarkan atas kekuatan sendiri sebagai wujud cita-cita kemandirian ekonomi ummat.
3) Menegaskan keberpihakan Muhammadiyah terhadap usaha-usaha ekonomi dalam membangun kekuatan masyarakat kecil (akar rumput) yang dhu’afa dan mustadh’afin melalui kegiatan-kegiatan ekonomi alternatif.
4) Mengupayakan terlaksananya ekonomi syariah yang lebih kuat, terorganisasi dan tersistem.

10. Majelis Pustaka dan Informasi

Berdasarkan garis besar program, majelis ini mempunyai tugas pokok antara lain:
a. Mengoptimalkan pemanfaatan multimedia dan teknologi informasi untuk menopang aktivitas Persyarikatan meliputi media elektronik, dalam hal ini radio dan televisi, media internet dan mobile devices, media cetak, dan lain-lain.
b. Meningkatkan pengelolaan dan pelayanan perpustakaan yang berfungsi untuk pengembangan pengetahuan dan informasi warga Persyarikatan dan masyarakat luas.
c. Melaksanakan pelatihan pustakawan dan public relations dalam menunjang pelayanan dan fungsi-fungsi tugas Persyarikatan.
d. Meningkatkan pelayanan publikasi baik yang bersifat cetak maupun elektronik sebagai bagian penting dalam pengembangan syi’ar Persyarikatan.

11. Majelis Hukum dan Hak Asasi Manusia

Berdasarkan garis besar program, majelis ini mempunyai tugas pokok antara lain:
1. Melakukan penyadaran kepada masyarakat tentang hak asasi manusia dan demokrasi, termasuk lewat jalur pendidikan.
2. Mengupayakan advokasi publik yang menyangkut kebijakan yang bersentuhan dengan kepentingan rakyat banyak.
12. Majelis Pelayanan Sosial

13. Majelis Lingkungan Hidup

Berdasarkan garis besar program, majelis ini mempunyai tugas pokok antara lain:
1. Mengembangkan aktivitas pendidikan dan dakwah lingkungan yang dimotori oleh majelis terkait, guna memberi pengertian tentang pengelolaan lingkungan yang benar dan membangun kesadaran tentang pentingnya kelestarian lingkungan hidup.
2. Mendorong tumbuhnya kesadaran baru etika lingkungan di kalangan masyarakat luas, termasuk dunia usaha, yang cenderung mengabaikan etika lingkungan.
3. Melakukan kampanye sadar lingkungan secara luas bekerjasama dengan berbagai instansi, baik pemerintah maupun swasta.